Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot instituti Oliy va o‘rta maxsus ta’lim vazirligi va Sog‘liqni saqlash vazirligining 1992 yil 28 may kunidagi 189 va 311-sonli qo‘shma buyruqlari asosida Farg‘ona Davlat universiteti qoshida «Tibbiyot Markazi» sifatida tashkil qilingan bo‘lib, O’zbekiston  Republikasi Vazirlar Mahkamasining 1998 yil 3 iyundagi 239-qarori bilan Toshkent Davlat Ikkinchi tibbiyot institutining Farg‘ona filialiga aylantirildi va Vazirlar Mahkamasining 2005 yil 29 iyuldagi 780-sonli qarori bilan Toshkent tibbiyot akademiyasining Farg‘ona filialiga aylantirildi. O’zbekiston Respublikasi Prezidentining 2020 yil 3 dekabrdagi PQ-4911-sonli “Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot institutini tashkil etish to‘g‘risida”gi qarori bilan Toshkent tibbiyot akademiyasi Farg‘ona filiali negizida Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot instituti tashkil etilgan.Institut tashkil topgandan buyon 1992-1997 yillarda professor K.M.Mirzayev, 1997-2005 yillarda tibbiyot fanlari doktori Yu.N.Nishonov, 2005-2012 yillarda tibbiyot fanlari doktori M. A. Abduraxmonov, 2012-2015 yillarda t.f.d., professor R.J. Usmanov, 2015-2017 yillarda t.f.d. X.A. Mamatqulov, 2017-2021 yillarda t.f.n. G.N. Sultanov va 2021 yildan t.f.d. A.A. Sidikovlar rahbarlik qilgan.Institutning o‘quv va ilmiy sohalariga 1992-1997 yillarda professor K.M.Mirzayev, 1997-1998 yillarda tibbiyot fanlari doktori Yu.N.Nishonov, 1998-2000 yillarda tibbiyot fanlari doktori G’.N.Rayimov, 2000-2005 yillarda tibbiyot fanlari doktori M.A.Abduraxmonov, 2005-2006 yillarda professor M.Q.Qoraboyev, 2006-2012 yillarda professor Sh.S.Baxritdinov, 2012-2013 yillarda dotsent F.X.Rasulov, 2013-2015 yillarda tibbiyot fanlari doktori E.Z.Isoqov, 2015 yilda M.T.Botirovlar rahbarlik qildilar. 2016 yildan boshlab Sh.A.Normatova ilmiy sohani boshqarganlar.Farg‘ona jamoat salomatligi tibbiyot instituti dunyoning 30 dan ortiq oliy ta’lim muassasalari bilan shartnomalar imzlangan va o‘quv, ilmiy va ma’rifiy sohalarda doimiy hamkorlik aloqalarini olib boradi.